捕獲率が高いとされる丸洞式巣箱と、管理しやすい重箱式巣箱を組み合わせたものをハイブリッド巣箱と呼びます。
確かではありませんが、丸洞式巣箱の方がニホンミツバチが太古から生活していた木に近いため、ニホンミツバチが好みやすいという意見があります。ただ、丸洞式巣箱ではその後の飼育がしにくいので、丸洞式巣箱の上に重箱式巣箱を置いて入居を待ちます。入居した後は、丸洞式巣箱を使わずに、重箱式巣箱の方式で飼育できます。
