ミツバチの農薬被害は大きく懸念されています。農薬散布により大量にミツバチが死んでしまうこともあります。
比較的新しい農薬であるネオニコチノイド系の農薬の脅威がよく話題担っています。ヨーロッパでは規制が厳しくなっていますが、日本では反対に緩和されました。ネオニコチノイド系農薬は、直接ミツバチにかからなくても、ミツバチが集める花の蜜や花粉から汚染を受けて健康状態を悪化させているという懸念があります。